In seiner Zeit in Barth begann er den Kirchenbau von St. Maria, Trösterin der Betrübten, an deren Weihe er teilnahm, obwohl er zu diesem Zeitpunkt bereits in Friesack wohnte. Die Organisation und Durchführung des Baus lief nicht ohne interne Kämpfe ab, die sich Willimsky mit seinem Vorgesetzten Erzpriester Friedrich Radek lieferte. Schon hier zeigte sich, dass Willimsky ein streitbarer Mensch gewesen sein muss. Vorteilhaft war diese Charaktereigenschaft für alle Menschen, die ihm als Seelsorger anvertraut waren. In Friesack handelte es sich dabei vor allem um polnische Wanderarbeiter und die Kinder der ärmsten Familien seiner Gemeinde. Für die einen wie für die anderen arbeitete er unermüdlich. Der sonntägliche Gottesdienstbesuch sowie der Religionsunterricht waren ihm so wichtig, dass er z. B. in Orten ohne Gotteshaus, Heilige Messen in Privaträumen, Tanzsälen oder gar in einer Bahnhofshalle feierte. Ebenso verhielt es sich mit dem Unterrichten, nachdem er mehrfach der staatlichen Schule verwiesen wurde.
Willimsky machte Hausbesuche, bei denen er die Verhältnisse der armen Familien wahrnahm. Diese veranlassten ihn im Jahr 1935 erstmals Kinder aus diesen armen Familien in katholische Familien nach Westdeutschland oder Oberschlesien zu schicken, wo sie sich körperlich erholen und gleichzeitig alltägliches katholisches Leben kennenlernen konnten. Die Pflegefamilien bereiteten die Kinder auf den Empfang der Heiligen Kommunion vor. Über 700 Kinder profitierten im Laufe der Jahre von diesem Austausch und zehrten noch viele Jahre davon.
Weiterhin unternahm Willimsky viele Bettelreisen aus der Diaspora in katholische Gegenden, um Gelder für seine Gemeindemitglieder zu sammeln. Zum Weihnachtsfest lud er die armen Familien ein und beschenkte sie großzügig.
Dem aufkommenden Nationalsozialismus stand Willimsky skeptisch gegenüber. Durch seine Erziehung geprägt, interessierte er sich für die neue Ideologie, stellte aber schnell fest, dass diese mit dem katholischen Glauben nicht vereinbar ist. So hielt er Vorträge und wies auch in seinen Predigten darauf hin. Durch den damaligen Bischof, Konrad Kardinal von Preysing, war er stets informiert über die Falschmeldungen der nationalsozialistischen Propaganda und verteidigte die Kirche gegenüber anderen. Das wurde ihm schließlich zum Verhängnis, denn zum einen wurde er 1935 „als unhaltbarer Störfaktor“ der Stadt Friesack verwiesen und ein Gespräch über die Verfehlungen von Priestern und Ordensbrüdern mit einer Fremden Frau im Zug führten im Oktober 1938 zur ersten Denunziation und Verhaftung. Als er später in Stettin ein Gespräch führte – dieses Mal über den Angriff der Wehrmacht auf Polen – wurde er im Oktober 1939 erneut verhaftet und schließlich im Januar 1940 ins Konzentrationslager Sachsenhausen bei Oranienburg eingewiesen. Dort starb Willimsky am 22. Februar 1940 – auf dem Totenschein wird als Grund eine Lungenentzündung angegeben.
Als Seelsorger sah er sich verpflichtet, die Wahrheit zu verkünden und auf Unwahrheiten hinzuweisen. Als Mensch tat er dies aus einem tiefen Glauben heraus, den er bis zum Ende nicht verlor. Ganz im Gegenteil gab ihm sein Glaube die Kraft, alles zu ertragen, was die letzten Monate seines Lebens an Leid zu erdulden war: „Das Gottvertrauen habe ich jedenfalls noch keinen Augenblick verloren.“, schrieb Willimsky in seinem letzten Brief an seine Haushälterin.
Eine im Jahr 2021 erschienene Wanderausstellung zeigt das Leben und Wirken des Pfarrers Albert Willimsky. Sie wurde vom Verein „deo iuvante Friesack e. V.“ erarbeitet. Die Landeszentrale für politische Bildung Brandenburg stellte dafür eine großzügige Finanzierung zur Verfügung.