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Stralsund war nach der Reformation, die durch Christian Ketelhot verbreitet wurde, schnell evangelisch geworden. Katholisch blieben wenige, ihre Kirchen, darunter mit der Nikolaikirchen, der Marienkirche und der Jakobikirche alle großen Pfarrkirchen Stralsunds, wurden nunmehr von den Protestanten genutzt. Ab dem Westfälischen Frieden war Stralsund fast 200 Jahre lang Teil des evangelisch geprägten Königreichs Schweden.

1775 wurde erneut eine katholische Mission gegründet. Bis dahin hatten die wenigen Katholiken kein eigenes Gotteshaus, Messen wurden in privaten Häusern, später auch in der Johanniskirche gefeiert. Am 10. Juni 1784 wurde im Beisein des schwedischen Generalgouverneuers von Hessenstein und Vertretern aller Stralsunder Behörden der Grundstein für eine Kirche in dern Frankenstraße gelegt. Sie hatte der schwedische König bewilligt, um seinen katholischen Söldnern den Kirchenbesuch zu ermöglichen, hinzu kamen zugezogene Kaufleute und Künstler. Am 5. Juni 1785 weihte Pastor Martin Effertz die Kirche für die 250 Katholiken ein. 1803 begann Wendelin Zink seinen priesterlichen Dienst in Stralsund.

Das kleine Gotteshaus, das parallel zur Frankenstraße angelegt und geostet war, besaß einen Hochaltar und eine Kanzel, der erste private Kirchenstuhl wurde 1814 für die Baronin von Ascherade aufgestellt, weitere Sitze kamen nach und nach hinzu. Wegen der Zunahme der katholischen Bevölkerung wurde 1872 eine Renovierung und Umgestaltung des Kirchenraumes vorgenommen. Die bis dato vorhandene Durchfahrt zwischen der Kirche und einem benachbarten Haus (Frankenstraße Nr. 37) wurde in den Kirchenbau integriert. Zur gleichen Zeit wurde eine Marienkapelle in der Westseite geschaffen, in der die 1817 geschenkte Madonna aufgestellt wurde. 1829 schenkte der Redakteur der Wochenschrift „Sundine“, Friedrich von Suckow, das Gemälde „Die schmerzhafte Mutter“ von Domenico Zampieri. Sein Wert betrug damals ca. 1.000 Reichstaler.

Vom 13. Februar 1905 bis zum 7. November desselben Jahres erfolgte eine weitere Vergrößerung des Kirchenbaus unter Pfarrer Wahl. Sie wurde nach Süden um das Dreifache erweitert und der Altar an die Südseite verlegt. Der bisherige Altar bestand als Werktagsaltar weiter. Der geplante Turmbau scheiterte am fehlenden Geld. Die Weihe nahm der Erzpriester Hirchberger vor. Der Berliner Orgelbauer Carl August Buchholz, der auch die Buchholz-Orgel in St. Nikolai schuf und Umbauten an der Stellwagen-Orgel in St. Marien vornahm, baute 1834 eine Orgel für die Kirche.

Nach dem Zweiten Weltkrieg, in dessen Folge viele Katholiken nach Stralsund kamen, wuchs die katholische Gemeinde weiter an. Im Rahmen eines Umbaus im Jahr 1966 wurde unter Pfarrer Georg Ketz der Eingang von der Frankenstraße zum Frankenwall verlegt. Einige Fenster und Türen wurden zugemauert und verputzt. An der Nordseite der Kirche entstand der neue Altarraum. Der Dresdener Architekt Friedrich Press entwarf die Altarwand als „Rotes Meer“ mit wellenförmig gemauerten Ziegeln.